Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.

Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Przeczytaj więcej o sieci Natura 2000.

W zasięgu terytorialnym nadleśnictwa występuje sześć obszarów znajdujących się w sieci
Natura 2000. Są to: „Forty Nyskie", „Ostoja Sławniowicko-Burgrabicka", „Jezioro Nyskie", „Jezioro Otmuchowskie", „Góry Opawskie" i „Przyłęk nad Białą Głuchołaską". Tereny w zarządzie Nadleśnictwa Prudnik znajdują się w granicach trzech obszarów:

Specjalny Obszar Ochrony Góry Opawskie

Powierzchnia całkowita : 5 583,3 ha, w tym:
- grunty leśne zalesione i nie zalesione - 4 480,44 ha
- grunty związane z gospodarka leśną - 55,83 ha
- grunty innej własności -1 047,03 ha
Typ ostoi: B
Granice ostoi obejmują główną część masywu Gór Opawskich (między Głuchołazami, a Prudnikiem), enklawę k. Prudnika (kwaśne dąbrowy podgórskie!) oraz enklawę obejmującą południowo-wschodnią część masywu wychodzącą zza granicy czeskiej w rejonie Pielgrzymowa i Opawicy. Jest to obszar o przejściowym charakterze biogeograficznym między Sudetami a Karpatami. Dobrze zachowane są tu alkaliczne młaki i ekstensywnie użytkowane łąki niżowe i górskie. Wśród leśnych siedlisk obecne są acydofilne bory z jodłą, podgórskie łęgi jesionowe, grądy środkowoeuropejskie, żyzna buczyna sudecka, kwaśna buczyna górska oraz podgórska dąbrowa acydofilna.
Różnorodność cennych siedlisk przekłada się na bogactwo gatunkowe. W ostoi występuje duża koncentracja gatunków roślin i grzybów regionalnie zagrożonych wyginięciem oraz pozostałych gatunków chronionych, wśród nich m.in.: podkolan zielonawy Platanthera chlorantha, storczyk męski Orchis mascula, buławnik mieczolistny Cephalanthera longifolia, kukułka Fuchsa Dactylorhiza fuchsii, pióropusznik strusi Matteucia struthiopteris, paprotnik kolczysty Polystichum aculeatum, gnieźnik leśny Neottia nidus-avis, pokrzyk wilcza jagoda Atropa belladonna, skrzyp olbrzymi Equisetum telmateia oraz podrzeń żebrowiec Blechnum spicant. Wczesną wiosną rosną tu m. in. smardze stożkowate Morchella vulgaris i wyniosłe M. elata, zaś jesienią flagowce olbrzymie Meripilus giganteus, mądziaki psie Mutinus caninus czy też szyszkowce łuskowate Strobilomyces strobilaceus.
Wśród zwierząt na obszarze występują m.in.: podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, mopek Barbastella barbastellus, nocek duży Myotis myotis, mroczek pozłocisty Eptesicus nilssoni, popielica Glis glis, modraszek nausitousa Maculinea nausithous, kumak górski Bombina variegata, traszka górska Triturus cristatus, salamandra plamista Salamandra salamandra, gniewosz plamisty Coronella austriaca, żmija zygzakowata Vipera berus oraz liczna grupa ornitofauny.

Specjalny Obszar Ochrony Przyłęk nad Białą Głuchołaską

Powierzchnia: 166,0 ha
Typ ostoi: B
Obszar obejmuje naturalny odcinek rzeki Białej Głuchołaskiej wraz z otaczającymi rzekę łozowiskami, łęgami i grądami. Jest to teren płaskiej terasy zalewowej na zachodzie przechodzący w terasy nadzalewowe i wysoczyznę polodowcową. W dnie doliny występują mady, w lokalnych obniżeniach namuły. Koryto rzeki ma charakter podgórski, lokalnie roztokowy. Obszar w większości pokrywają zbiorowiska leśne. Ostoja położona jest w strefie przejściowej między Górami Opawskimi a terenami nizinnymi Ziemi Nyskiej.
Obszar bardzo cenny ze względu na dobrze zachowane grądy o charakterze przejściowym między grądem subkontynentalnym Tilio-Carpinetum a środkowoeuropejskim Galio-Carpinetum. W województwie opolskim przebiega naturalna granica między tymi dwoma podtypami grądów. Dodatkowo w sąsiedztwie grądów występuje bardzo dobrze zachowany łęg Ficario-Ulmetum. Koryto Białej Głuchołaskiej na tym obszarze podlega naturalnym procesom geomorfologicznym. Obszar stanowi ostoję wydry Lutra lutra.
Zagrożenia: działalność człowieka związana z pozyskaniem drewna i przebudową drzewostanów oraz regulacja naturalnego koryta rzecznego; dodatkowym zagrożeniem jest przeciwdziałanie naturalnej sukcesji zbiorowisk łęgowych w najbliższym sąsiedztwie koryta rzeki; koryto rzeki narażone jest na inwazję obcych gatunków roślin.

Specjalny Obszar Ochrony Ostoja Sławniowicko-Burgrabicka

Powierzchnia: 771,6 ha
Typ ostoi: B
Ostoja znajduje się w Sudetach Wschodnich, na terenie m.in. wsi Sławniowice oraz Burgrabice, gdzie na strychu kościoła znajduje się kolonia rozrodcza nietoperzy. Obszar zawiera dwa miejsca rozrodu, zimowisko oraz tereny żerowiskowe nietoperzy.
W ostoi znajdują się kolonie rozrodcze, zimowisko i tereny żerowiskowe dwóch gatunków nietoperzy: podkowca małego Rhinolophus hipposideros i nocka dużego Myotis myotis z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej.
Obszar ten jest przykładem, że funkcjonowanie sieci Natura 2000 nie wyklucza działalności przemysłowej i wydobywczej. Między innymi właśnie dzięki tej działalności powstało jedno z najważniejszych stanowisk - schronienia kolonii podkowca małego w budynku przedsiębiorstwa. Warunkiem jego zachowania jest dalsze, niezmienione jego funkcjonowanie jako zakładowej kotłowni. Także dalsza działalność wydobywcza, w odpowiedni sposób prowadzona, może po wyczerpaniu złóż, pozostawić po sobie elementy, które w perspektywie czasu wzbogacą teren obszaru o nowe, cenne środowiska. Warunkiem jest jednak opracowanie i przestrzeganie planu ochrony, zakładającego zachowanie w niezmienionym stanie najcenniejszych siedlisk.
Zagrożenia: działania mające wpływ na zmiany warunków mikroklimatycznych i dostępności schronień nietoperzy; penetracja schronień, szczególnie w okresie zimowym; prace remontowe polegające np. na uszczelnianiu ubytków zaprawy i pęknięć ścian korytarzy służących za schronienia, uszczelnianiu otworów wlotowych, używaniu toksycznych środków ochrony drewna itp.; prowadzenie prac remontowych w nieodpowiednich terminach.